En la época incaica el lugar que hoy ocupa la ciudad, estuvo poblado por los Muyupampas, tribu descendiente de los Chancas.
Llegados los españoles a nuestros territorio, el gobernador Francisco Pizarro, se entera de la existencia de tierras ricas en la zona selvática, y en su afán de incorporarlos a sus dominios, resuelve encomendar a sus dominios, resuelve encomendar en 1535 la “primera entrada”, designado al Capitán Alonso de Alvarado para dirigir una expedición con sólo 13 soldados, entre los cuales se distinguían: Juan Pérez de Guevara, Alonso de Chávez, Francisco de Fuentes, Agustín Díaz, Juan Sánchez y diego Díaz.
De entre todos estos expedicionarios, quedó reservada la tarea de fundar la ciudad más antigua de la Amazonía peruana, al capitán Juan Pérez de Guevara el 25 de Julio de 1540, con el nombre de Santiago de los Valles de Moyobamba.
Durante el virreinato, Moyobamba se convierte en la ciudad más importante de la amazonía, llegando a constituirse en capital de la Comandancia General de Maynas.
Moyobamba ocupo un lugar preponderante en la gesta emancipadora, toda vez que en ella se centraron los movimientos independentistas de la región amazónica. Fue en su plaza pública que se proclama la Independencia de Maynas, siguiendo la suerte de la capital de la República, el 19 de agosto de 1821: la misma que se consolida el 25 de Setiembre de 1822, luego que el Teniente Coronel Nicolás Arriola vence definitivamente a las tropas realistas rebelde.
Al respeto el estudioso Ricardo Cavero refiere: “La división Pacificadora recibió el apoyo de la división mandada por el Coronel José Nicolás Arriola el que en virtud de su alta graduación, asumió la dirección de las operaciones. Desde el mes de Junio hasta Setiembre se realizaron las sangrientas refriegas de la Ventana, Rioja y Habana, en la que la victoria se mostró de parte de los pacificadores. El 25 de Setiembre, la División Pacificadora recupera Moyobamba, logrando tras reñidos encuentros, la dispersión de los rebeldes y la completa pacificación de Maynas, Arriola nombró como gobernador de Maynas a D. Damián Yépez quien en 1824 fue reemplazado por el Sargento Mayor Don Damián Najar. De este modo la Gobernación de Maynas independiente entró en lleno al ejercicio de su independencia bajo el régimen republicano”.
RESEÑA HISTORICA - RIOJA
En la época incaica, la zona que hoy es jurisdicción de la provincia de Rioja, estuvo habitada por dos tribus: los Uquihuas y los chepenes los que a su vez, estaban dispersos en zonas como: toé, Soritor, Illivalle, Irinari, Nijaque, Yantaló, Yorongos, Huasta, Quilluallpa, Tonchillo, Comitoria, Posic., Aposento, entre otros poblados más.
A fines del siglo XVI, llegó a Uquihua el Arzobispo Toribio de Mogrovejo, como uno de los primeros misioneros que vinieron a catequizar la Amazonía. Posteriormente en el siglo XVIII, con idéntica misión, vinieron el Obispo Baltasar Jaime Martínez de Compagnón y Bujanda, el intendente de Trujillo don Juan José Martínez de Pinillos y Larios y don Félix de la Rosa Reátegui y Gaviria.
Este último, por encargo del Obispo Martínez de Compagnon, se encarga de reunir a las comunidades nativas, fundado así el pueblo de Santo Toribio de la Nueva Rioja, el 22 de Setiembre de 1782.
Por muchos años Rioja estuvo anexada políticamente a Moyobamba y Chachapoyas – de manera intercalada – sin motivos razonables que justificaban estas sucesivas anexaciones.
Rioja tuvo una notable participación en la consolidación de la Independencia de Maynas, pues, luego de proclamarse la independencia de ésta, el 19 de agosto de 1821, un grupo de realista rebeldes seguía perturbando la tranquilidad de muchos pueblos amazónicos: entre ellos Moyobamba, donde hicieron su centro de operaciones
El 4 de Setiembre de 1822, las tropas patrióticas dirigidas por el Teniente Coronel Nicolás Arriola, parten de Chachapoyas con dirección a Moyobamba. A su paso por Rioja libran tres batallas contra los realistas: Batalla de la Ventana (10 de Setiembre) Batalla de Tambo del visitador (12 de Setiembre) y Batalla de Rioja (13 de Setiembre) Vencedores los patriotas, parten hacia el pueblo de Habana – con el apoyo de muchos riojanos – donde se libra la Batalla de la Habana, con la cual se logra vencer a los españoles definitivamente. Arriola y su tropa tomaron posesión de la ciudad de Moyobamba el 25 de Setiembre de 1822, consumándose de esa manera la independencia de Maynas.
El 3 de octubre de 1845, Rioja se eleva a la categoría de Villa y por Ley del 21 de Setiembre de 1868 (que ratificó el Decreto Supremo del 7 de febrero de 1866) es elevada a la categoría de Ciudad.
Por Ley N° 8142 del 4 de Setiembre de 1935, promulgada el 9 de diciembre del mismo año, se crea la provincia de Rioja, contando en aquel entonces sólo con 4 distritos: Rioja, Posic, Yorongos y Yuracyacu. Posteriormente tras la apertura de la Carretera Margonal, se forman nuevas poblaciones, creándose entonces cinco distritos más: Pardo Miguel, Nueva Cajamarca, Elías Soplín Vargas, San Fernando y Awajún: determinando así su actual distribución política.
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